O laboratório de físico-química e de microbiologia da ETE Monjolinho monitora a Estação de Tratamento de Esgoto Monjolinho  e as estações de Água Vermelha e de Santa Eudóxia.

Além das ETEs, as águas do Monjolinho, do Ribeirão das Araras em Água Vermelha e do Rio Quilombo, em Santa Eudóxia são monitoradas pelo referido laboratório. 

No monitoramento das ETEs, são coletadas amostras em cada etapa do tratamento. Em cada amostra são realizadas análises de pH, turbidez ,cor, alcalinidade, DBO, DQO, toda a série de sólidos, coliformes totais, Escherichia coli, entre outras. Através dos resultados dessas análises é possível avaliar as eficiências das ETEs e também das etapas de tratamento.