O Setor Laboratório de Microbiologia é responsável pela análise microbiológica da água destinada ao abastecimento público, tanto antes como após o seu tratamento. Diariamente, são examinadas as águas dos mananciais que abastecem São Carlos (Ribeirão Feijão e Ribeirão Monjolinho) e a água tratada coletada na saída da Estação de Tratamento de Água (ETA), assim como amostras provenientes de reservatórios, poços profundos e da rede de distribuição de água.

Para atestar e garantir a preservação dos mananciais, o laboratório avalia a qualidade da água de nascentes e afluentes dos Ribeirões Feijão e Monjolinho de acordo com a Resoluação CONAMA 357. Para isso são analisados parâmetros como Oxigênio Dissolvido, Demanda Bioquímica de Oxigênio, Clorofila a e contagem de bactérias dos grupos coliformes totais, coliformes termotolerantes e coliformes fecais (Escherichia coli).

Além disso, o Setor Laboratório de Biologia realiza testes diários que verificam a ausência de bactérias coliformes totais e fecais na água tratada. Dessa forma, o trabalho realizado no laboratório garante que o tratamento de água do SAAE de São Carlos atende à Portaria 2914 do Ministério da Saúde e a Resolução SS 65 da Vigilância Sanitária.

Outras atividades do setor são a preparação de meios de cultura, avaliação e registro das análises realizadas e estudos para a melhoria dos processos de tratamento de água e dos índices de poluição. O laboratório, que está em processo de implementação da ISO 17025, usa métodos de análises validados internacionalmente, buscando sempre a qualidade e a confiabilidade de seus resultados.