Laboratório de Biologia(SLB):
     -Análises Microbiológicas : Coleta e analisa amostras dos mananciais, da água tratada e dos efluentes, incluindo as Estações de Tratamento de Esgoto dos distritos de Água Vermelha e Santa Eudóxia, para controle de coliformes e bactérias. A água que sai da Estação de Tratamento de Água (E.T.A), é totalmente livre de bactérias.
     -Programa de Monitoramento dos Mananciais: De fundamental importância para o meio ambiente, é desenvolvido pioneiramente a 35 anos. Não só reduziu os custos de produção da água, como produziu uma melhora dos mananciais. O referido trabalho é realizado em 10 pontos de controle ao longo dos cursos d’água alimentadores da E.T.A. .O monitoramento permite detectar rapidamente alterações que possam trazer prejuízos ao manancial envolvido, e prontamente tomar as medidas necessárias à solução do problema. Todo trabalho de campo é desenvolvido pelo próprio laboratório.
    -Pesquisa Avançada: Desenvolve duas linhas de pesquisa focadas no reaproveitamento do lodo residual. Utilização do lodo como biossólido (fertilizante) e para produção de húmus (fertilizante completo); ambas são fundamentais dentro dos parâmetros do Desenvolvimento Sustentável.
 

Laboratório de Físico-Química(SLFQ)):
     -Análises Físico-Químicas: São análises de controle que aferem a eficácia de todas as fases do  processo empregado no tratamento da água.  pH (alcalinidade), turbidez, cor, e níveis de: cloro, flúor, manganês e ferro. Os valores dos parâmetros utilizados como meta pela ETA - São Carlos, são bem mais ri-gorosos do que aqueles estabelecidos na legislação, proporcionando à população uma água com qualidade superior.
    -Controle de qualidade dos produtos químicos fornecidos a estação.
    -Coleta de amostras: O SLFQ coleta centenas de amostras mensais nas saídas de sistemas da ETA, ETA-CEAT e Reservatórios Vila Nery, São Sebastião, 22 poços profundos  e pontos de controle na rede de distribuição, monitorando continuamente a qualidade da água que chega à população.